Op een broeierige zomerdag fietsen Maya en Flor door hun spookdorp, Waterdorp. Het dorp moet binnenkort plaatsmaken voor een havengebied. De meeste huizen staan al
jaren leeg, de ruiten zijn gebroken en er is overal graffiti. Er lopen ook vreemde snuiters rond, zoals de Doodskoppen en de Krakers. Dan vinden Maya en Flor een schat, zomaar in de berm. Net op het moment dat er een Doodskop naar buiten komt. Ze gaan ervandoor en verbergen hun vondst in een schuurtje. De volgende dag is de schat verdwenen…
Er hangt nog meer onweer in de lucht. Wil de vader van Maya eigenlijk wel verhuizen? En is het toevallig dat Flor opeens een nieuwe fiets heeft ? 
Wolken boven Waterdorp is een grappig en spannend verhaal over vriendschap, samenleven en de waarde van kromme komkommers.